发布时间：2025-01-07
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报告时间：2025年01月09日15:30
报告地点：启智楼0559
报告题目：仅用三代普通数据全自动获悉复杂基因组
报告简介：
生命的奥秘取决其基因组，所以获悉基因组是生命科学中最最基本的问题。80年代初美国联合全球的科技强国（包括中国）发起了举世闻名的人类基因组计划，其目的是利用基因组测序数据获悉基因组。由此引发了全球研究人员的激烈挑战，基因组测序技术和获悉基因组的组装算法堪比雨后春笋。然而，迄今为止尚没有一个（规模 > 100M的）基因组被完整的获悉，更没有自动获悉的计算方法。我们彻底革命了获悉基因组的传统方法，研发出高效普适、端到端无缝隙的基因组从头组装算法UniGA，仅用普通三代数据（错误率：10-15%）即可全自动的输出完整的基因组。在服务器AMD EPYC7742 64 cores 2L上运行了线虫（C. elegans）、果蝇（D. melanogaster）、拟南芥（A. thaliana）、大米（O. sativa）和异色瓢虫（H. Axyridis）的PacBio和ONT数据，分别在6、7、7、8和11个小时内全自动且逐条染色体的输出了端到端无缝隙的完整基因组。预计UniGA最多需要1000小时完成人类基因组的组装。值得强调的是UniGA适合于组装任何种类的基因组。
专家简介：
李国君，山东大学二级岗特聘教授，山东省首批泰山学者特聘教授。1996年获中科院数学与系统科学研究所博士学位。2004年受聘美国佐治亚大学研究教授和中科院软件所研究员。研究领域涉及图论、组合最优化和生物信息学。在图论领域：证明了V. Chvátal等4个图论猜想，论文发表在JCTB和Combinatorica等。在组合最优化领域：解决了滑铁卢大学和贝尔实验室发起挑战的两个计算理论问题，论文发表在SIAM J. Comput和ACM Trans. Algorithms等。在生物信息学领域：实现了复杂基因组的自动化组装。主持国家自然科学基金委重点项目2项。
主办单位：生命科学学院
农牧业生物资源开发与利用高校特色实验室
科学技术处
（作者：生命科学学院 宋希亮 供稿审核人：曾强成）
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